病毒性肝衰竭经过规范治疗多数可以控制病情进展，部分患者可能实现肝功能代偿或接受肝移植后长期生存。病毒性肝衰竭的治疗效果主要与病因类型、肝功能损伤程度、并发症控制情况以及治疗时机有关。
病毒性肝衰竭患者若能早期识别并积极干预，通过抗病毒药物如恩替卡韦片、富马酸替诺福韦二吡呋酯片等抑制病毒复制，配合人工肝支持系统清除毒素，同时纠正凝血功能障碍、肝性脑病等并发症，部分患者肝脏可逐步恢复功能。对于乙型肝炎病毒相关肝衰竭，及时使用核苷类似物抗病毒治疗可显著提高生存率。甲型或戊型肝炎病毒引起的急性肝衰竭，在无严重并发症时通过保守治疗也可能自愈。
当肝细胞大面积坏死且无法代偿时，肝移植成为唯一根治手段。符合移植标准的患者在获得合适供体后，术后五年生存率可达较高水平。但移植后需终身服用免疫抑制剂如他克莫司胶囊、吗替麦考酚酯胶囊等预防排斥反应。合并多器官功能衰竭、严重感染或肝性脑病深度昏迷的患者，治疗效果往往较差。
病毒性肝衰竭患者应严格卧床休息，采用低脂高碳水化合物的饮食方案，每日蛋白质摄入量需根据血氨水平调整。家属需密切监测患者意识状态变化，避免使用肝毒性药物。所有治疗均需在专科医生指导下进行，定期复查肝功能、凝血功能及病毒载量等指标。
