飞秒激光近视手术过程中通常不会感到明显疼痛。手术前会使用表面麻醉眼药水，术中可能有轻微压迫感或异物感，术后可能出现短暂眼部不适。
飞秒激光手术采用计算机精准控制的激光在角膜上制作角膜瓣或进行角膜切削，整个操作过程仅需数分钟。术前医生会为患者滴入含有利多卡因等成分的表面麻醉眼药水，使角膜暂时失去痛觉。术中患者主要感受到仪器接触眼球时的压力，以及激光工作时发出的声响和光线，但不会产生尖锐痛感。部分敏感人群可能描述为类似睫毛掉入眼睛的轻微异物感。
术后麻醉效果消退后，约3-5小时内可能出现流泪、畏光、酸胀等刺激症状，这些属于角膜上皮修复过程中的正常反应。极少数角膜较薄或神经敏感者可能感到持续性的磨痛感，但多数在术后24小时内逐渐缓解。医生会根据情况开具人工泪液或低浓度激素眼药水如氟米龙滴眼液、玻璃酸钠滴眼液等帮助缓解。
术后应按医嘱使用抗生素眼药水如左氧氟沙星滴眼液预防感染，避免揉眼和剧烈运动。保持眼部清洁，外出佩戴防护镜，睡眠时使用眼罩保护。术后1周内避免游泳、桑拿等可能造成眼部感染的活动，定期复查角膜愈合情况。如出现剧烈疼痛、视力骤降等异常情况需立即就医。
