小儿心肌损伤的治疗效果与病因、损伤程度及干预时机密切相关，多数早期病例通过规范治疗可有效改善预后。
小儿心肌损伤若由病毒感染或轻度缺氧缺血引起，早期发现时通过卧床休息、营养心肌药物如辅酶Q10片、果糖二磷酸钠口服溶液等治疗，配合限制剧烈运动，通常1-3个月内心肌酶谱可逐渐恢复正常。部分患儿可能出现心电图ST段改变或轻度心脏扩大，但经静脉注射用磷酸肌酸钠等药物干预后，心脏功能多能完全代偿。家长需定期复查心肌酶、心电图和心脏超声，观察有无心律失常等并发症。
少数重症病例如爆发性心肌炎或遗传性代谢疾病导致的心肌损伤，可能出现心源性休克、严重室性心律失常，需在重症监护室使用人免疫球蛋白、机械循环支持等治疗，此类患儿可能遗留慢性心功能不全。对于川崎病合并冠状动脉病变或扩张型心肌病晚期患儿，可能需要长期服用卡托普利片、地高辛口服溶液等药物控制心力衰竭。
家长应避免让患儿感冒发烧时剧烈运动，注意观察有无面色苍白、呼吸急促等表现。恢复期可适量补充富含维生素C的猕猴桃、西蓝花等食物，但需限制高盐饮食。建议在儿科心血管专科定期随访，通过动态心电图评估心脏电活动稳定性，部分患儿青春期后仍需避免竞技性体育运动。
