眼结膜切除手术风险通常较小，但具体风险程度需结合患者眼部状况及手术方式综合评估。该手术主要用于治疗翼状胬肉、结膜肿瘤等疾病，术中可能出现出血、感染等常见并发症，术后可能伴随干眼症或结膜瘢痕形成。
眼结膜作为眼球表面的薄膜组织，手术创伤相对可控。常见术中风险包括局部麻醉药物过敏反应、结膜血管损伤导致的轻微出血，以及器械操作不当引发的角膜擦伤。术后1-3天内可能出现异物感、流泪等刺激症状，通过规范使用抗生素滴眼液如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液可有效预防感染。约5-7天后缝线吸收期间，部分患者会感到眼部瘙痒或分泌物增多，此时需避免揉眼。
少数情况下可能发生较严重并发症。术中若损伤巩膜层可能导致眼内炎风险上升，需紧急使用注射用头孢呋辛钠等广谱抗生素干预。糖尿病患者或免疫功能低下者术后愈合时间可能延长至2-3周，且易形成结膜肉芽肿。极个别病例因结膜过度切除引发睑球粘连，需二次手术松解。术前完善凝血功能检查和血糖监测可降低此类风险。
术后应严格遵医嘱使用人工泪液如玻璃酸钠滴眼液缓解干眼症状，避免游泳及粉尘环境暴露至少1个月。定期复查有助于早期发现结膜愈合异常，若出现持续眼红、视力下降需立即返诊。选择经验丰富的眼科医师操作可显著降低手术风险。
