晚期梅毒经过规范治疗可以控制病情进展，但已造成的器官损害通常不可逆。晚期梅毒的治疗目标主要是消除病原体、阻断疾病进展和缓解症状，需通过长效青霉素注射、定期血清学检测及多学科联合管理实现。
晚期梅毒指感染梅毒螺旋体超过2年或进入三期阶段，此时病原体可侵犯心血管、神经系统、骨骼等多个器官。青霉素作为首选药物，需按每周1次苄星青霉素肌内注射、连续3周的方案治疗。对青霉素过敏者可采用多西环素片或头孢曲松钠替代，但疗效可能稍逊。治疗期间可能出现吉海反应，表现为发热、头痛等免疫应答症状，通常24小时内自行缓解。血清学随访需持续3年以上，通过快速血浆反应素试验和梅毒螺旋体颗粒凝集试验评估疗效，若抗体滴度未下降需考虑治疗失败或再感染。
晚期梅毒造成的组织损伤如主动脉瘤、脊髓痨、树胶样肿等器质性病变难以完全修复。神经梅毒患者可能遗留痴呆、共济失调等后遗症，需联合神经科进行康复训练。心血管梅毒引发的主动脉瓣关闭不全可能需瓣膜置换手术。这些不可逆损害强调早期筛查的重要性，所有孕妇、高危人群应定期进行梅毒血清学检测。
患者治疗期间应避免性接触直至血清学转阴，密切伴侣需同步筛查。保持规律作息有助于免疫力恢复，但需限制饮酒以减少肝脏代谢负担。合并HIV感染者的治疗周期需延长，并加强免疫状态监测。即使完成治疗，晚期梅毒患者仍需终身随访，通过影像学检查评估器官功能，及时干预新发并发症。
