基底动脉闭塞的恢复程度与闭塞部位、治疗时机及个体差异密切相关，轻者可能完全恢复功能，重者可遗留永久性神经损伤。恢复效果主要取决于侧支循环建立情况、血管再通时间、并发症控制、康复治疗介入时机以及基础疾病管理等因素。
基底动脉闭塞后若能在超早期（4.5小时内）实现血管再通，部分患者可达到接近正常的神经功能恢复。这类患者通常表现为短暂性脑缺血发作或轻度小脑症状，通过溶栓或取栓治疗后，运动协调能力和意识状态可基本恢复正常。关键因素在于缺血半暗带的及时挽救，此时神经元尚未发生不可逆损伤，脑干及小脑的血流重建能有效避免核心梗死区扩大。
部分患者会遗留不同程度的残疾，常见于错过黄金治疗窗或侧支循环较差的情况。典型后遗症包括构音障碍、吞咽困难、共济失调等脑干症状，严重者可出现闭锁综合征。这类患者需要通过长期康复训练改善功能，如通过吞咽功能训练预防吸入性肺炎，利用平衡训练改善步态不稳。约三成患者可能发展为血管性痴呆，这与丘脑、脑干等关键部位的慢性缺血有关。
患者出院后需严格控制血压血糖，定期进行脑血管评估，坚持抗血小板治疗。康复期建议采用多学科协作模式，结合物理治疗、言语训练和心理干预。饮食上增加深海鱼类摄入有助于神经修复，避免高盐高脂饮食加重动脉硬化。早期介入高压氧治疗可能促进神经功能重塑，但需在专业医师指导下进行。
