肠镜一般能看到肠道内的寄生虫。肠镜检查可以直接观察肠道黏膜，发现寄生虫成虫、虫卵或活动痕迹，但对某些微小或深部组织寄生的虫体可能检测受限。
肠镜对肠道寄生虫的检出效果与寄生虫种类、寄生部位及检查操作有关。多数肠道寄生虫如蛔虫、钩虫、绦虫等成虫体积较大，肠镜下可直接观察到虫体形态或活动状态。部分寄生虫如蛲虫常在夜间活动，日间检查可能漏诊。贾第鞭毛虫等原虫需通过肠镜取活检组织进行病理检测才能确诊。血吸虫卵沉积在肠壁深层时，肠镜可能仅观察到黏膜充血或溃疡等间接表现。
肠镜难以发现某些特殊寄生虫。旋毛虫幼虫常寄生于肌肉组织，常规肠镜检查无法观测。隐孢子虫等微小原虫需通过粪便抗原检测或分子生物学方法诊断。部分寄生虫如肝吸虫主要寄生在胆管系统，需通过ERCP等特殊内镜技术检查。寄生虫感染早期或虫体数量较少时，肠镜可能出现假阴性结果。
怀疑寄生虫感染时应结合多种检查方法。除肠镜外，粪便常规检查可发现虫卵或幼虫，血清学检测有助于诊断组织内寄生虫。出现腹痛、腹泻、营养不良等症状且存在疫区接触史时，建议完善寄生虫相关检查。肠镜检查前后需严格清洁肠道，避免食物残渣干扰观察。确诊寄生虫感染后需在医生指导下规范使用阿苯达唑片、吡喹酮片、甲硝唑片等驱虫药物，并做好个人卫生防护。
