会厌囊肿术后存在复发可能，复发概率与囊肿性质、手术方式及术后护理等因素相关。会厌囊肿多为良性病变，多数患者通过规范治疗可长期稳定，但部分病例可能出现局部再发或新生囊肿。
会厌囊肿术后复发常见于囊肿未彻底切除或存在囊壁残留的情况。术中若采用单纯穿刺抽吸而未处理囊壁，复发率较高；完整切除囊壁者复发概率显著降低。囊肿体积较大、位置特殊或合并感染时，手术难度增加可能导致切除不彻底。部分患者术后仍存在慢性咽喉炎、反流性咽喉炎等原发诱因，持续刺激黏膜可诱发新囊肿形成。术后未遵医嘱禁声、过早进食刺激性食物或吸烟饮酒等行为，均可能影响创面愈合并增加复发风险。
少数情况下可能因病理类型特殊导致复发。黏液潴留型囊肿因腺体导管持续分泌而容易复发，先天性囊肿若存在胚胎残留组织也可反复发作。极个别病例术后病理提示囊肿恶变倾向时，需警惕局部浸润或转移可能。反复发作的囊肿应通过电子喉镜、影像学检查明确性质，必要时进行病理活检排除肿瘤性病变。
术后应定期复查电子喉镜，建议术后1个月、3个月、6个月各复查一次，之后每年随访。日常需避免辛辣刺激饮食，戒烟限酒，控制胃酸反流，积极治疗慢性咽喉炎。出现持续性咽喉异物感、吞咽不适等症状时及时就诊。对于多次复发或生长迅速的囊肿，可考虑采用低温等离子、激光等微创技术进行根治性切除。
