大便检查发现真菌感染通常提示肠道菌群失衡或免疫力下降，可能与白色念珠菌、曲霉菌等机会性致病菌过度增殖有关。真菌感染常见于长期使用抗生素、免疫抑制剂或患有糖尿病等基础疾病的人群。
肠道真菌感染早期可能仅表现为轻微腹泻或腹胀，随着菌群失调加重，可能出现黏液便、腹痛、肛门瘙痒等症状。白色念珠菌感染时大便常带有白色絮状物，曲霉菌感染可能伴随黑便。婴幼儿、老年人及HIV感染者更容易出现严重腹泻和吸收不良。
诊断需结合粪便镜检发现菌丝或孢子，必要时进行真菌培养。治疗需停用不必要的抗生素，轻症可通过口服益生菌调节菌群，常用双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒等。中重度感染需遵医嘱使用抗真菌药物，如制霉菌素片、氟康唑胶囊、伊曲康唑口服液等。糖尿病患者需严格控制血糖，HIV感染者需进行抗病毒治疗。
日常需注意饮食卫生，避免生冷食物，适量补充含乳酸菌的发酵食品如无糖酸奶。便后及时清洁会阴部，选择棉质透气内衣。若出现持续腹泻超过3天、血便或发热，应立即就医。免疫功能低下者需定期监测粪便常规，避免滥用广谱抗生素。
