基孔肯雅热的误诊率相对较高。该病早期症状与登革热、寨卡病毒感染等蚊媒传染病高度相似，且缺乏特异性诊断方法，容易导致临床混淆。
基孔肯雅热急性期主要表现为突发高热、关节剧痛和皮疹，这与登革热的发热、肌肉痛、出血倾向等症状存在重叠。部分患者可能出现结膜充血或轻度肝脾肿大，但这些体征并非特异性表现。基层医疗机构若仅依靠临床症状判断，未及时开展血清学检测或逆转录聚合酶链反应检测，误诊概率会显著增加。流行季节蚊媒传染病混合暴发时，临床医生经验不足也会影响鉴别诊断准确性。
少数情况下，基孔肯雅热可能被误诊为风湿性关节炎或流感。慢性关节疼痛患者若未追溯急性期流行病学史，可能被归为普通关节炎。非流行区医务人员对该病认识不足时，可能将输入性病例误判为其他发热性疾病。实验室检测假阴性结果也会导致漏诊，特别是发病超过5天后抗体检测可能出现窗口期。
建议在蚊媒传染病流行区出现不明原因发热时，主动告知医生旅行史和蚊虫暴露史。医疗机构应联合使用酶联免疫吸附试验和病毒核酸检测以提高确诊率。慢性关节症状患者需持续随访，必要时进行影像学检查排除其他关节病变。
