电动牙刷在正确使用的情况下危害较小，但操作不当可能引发牙龈损伤、牙齿敏感、口腔黏膜刺激等问题。电动牙刷的危害主要与使用频率过高、刷头过硬、用力过猛等因素有关。
电动牙刷的高频振动可能对牙龈组织造成机械性刺激。长期使用硬毛刷头或施加过大压力会导致牙龈退缩，牙颈部楔状缺损风险增加。部分使用者可能出现刷牙后牙齿短暂酸软，这与振动传导至牙本质小管有关。旋转式电动牙刷若角度控制不当，可能磨损牙釉质表面。儿童或口腔黏膜薄弱者使用不当可能引发颊黏膜擦伤。电动牙刷的噪音可能对听觉敏感人群造成不适。
选择软毛刷头能减少对牙龈的物理刺激。刷牙时让刷毛与牙面呈45度角，依靠刷头自身振动清洁，无须额外加压。避免在牙龈红肿期使用电动牙刷。正畸患者应选用专用正畸刷头。建议每3个月更换刷头，防止细菌滋生。初次使用者可从最低档位开始适应。刷牙时间控制在2分钟内，避免过度清洁。餐后漱口再使用电动牙刷可降低食物残渣摩擦风险。
