基孔肯雅热病毒可通过高温、化学消毒剂、紫外线照射等方法灭活。该病毒对物理和化学灭活方式敏感，主要灭活手段有56摄氏度加热30分钟、75％乙醇处理、含氯消毒剂浸泡、紫外线直接照射等。
56摄氏度加热30分钟可有效破坏病毒蛋白质结构，适用于医疗器械或衣物灭活。75％乙醇能使病毒包膜脂质溶解，常用于皮肤表面消毒。含氯消毒剂如次氯酸钠可通过氧化作用灭活病毒，适用于环境物体表面处理。紫外线照射能破坏病毒核酸，多用于空气和物品表面消毒。过氧乙酸等强氧化剂也可迅速使病毒失活，但需注意其对金属的腐蚀性。
日常预防需注意防蚊措施，使用蚊帐、驱蚊剂等避免蚊虫叮咬。接触疑似污染物后应及时用肥皂水清洗，环境消毒可选择含氯消毒剂擦拭。出现发热、关节痛等症状应立即就医，确诊患者需隔离治疗至退热后24小时。医疗机构处理患者标本时应采取生物安全二级防护，废弃物须经高压灭菌处理。
