基孔肯雅热病毒对含氯消毒剂、过氧化物类消毒剂等常见消毒剂敏感。该病毒属于披膜病毒科，可通过物理和化学方法灭活，但不同消毒剂的灭活效果存在差异。
含氯消毒剂如次氯酸钠能有效破坏病毒包膜结构，推荐使用有效氯浓度500-1000mg/L的溶液对污染物体表面进行擦拭或浸泡消毒。过氧化物类消毒剂中的过氧乙酸对病毒核酸具有强氧化作用，适用于医疗器械消毒。75％乙醇溶液可通过使病毒蛋白变性达到灭活效果，适合皮肤及小件物品的快速消毒。紫外线照射30分钟以上可显著降低病毒活性，常用于空气和物体表面消毒。热力消毒在56℃持续30分钟条件下能完全灭活病毒，适用于耐高温物品处理。
日常预防需重点做好蚊虫防治，使用驱蚊剂并安装纱窗纱门。出现发热、关节痛等疑似症状应及时就医，确诊患者应隔离至退热后24小时。对患者分泌物、排泄物及污染物品应严格消毒处理，医护人员需执行标准预防措施。疫区居民应配合开展爱国卫生运动，清除积水容器等蚊虫孳生地，必要时在专业人员指导下实施化学灭蚊。
