避孕套能降低HPV病毒感染概率，但不能完全阻断传播。HPV主要通过皮肤黏膜接触传播，避孕套未覆盖区域仍存在感染风险。
避孕套对HPV的防护效果与病毒传播途径密切相关。HPV感染多发生在生殖器、肛门等部位的皮肤黏膜，病毒可通过微小破损侵入。正确使用避孕套能减少阴茎、阴道等主要接触部位的病毒暴露，对高危型HPV16/18的防护效果较为明显。研究显示规律使用避孕套可使女性感染风险下降，但会阴、阴囊等未受保护区域仍可能发生病毒传播。
HPV感染存在避孕套无法覆盖的特殊情况。病毒可能通过避孕套未完全包裹的会阴皮肤接触传播，尤其在生殖器疣等皮损存在时风险更高。口交行为中口腔黏膜与生殖器接触也可能导致咽喉部HPV感染。此外避孕套使用过程中的滑脱、破裂等情况会进一步降低防护效果。
预防HPV感染需采取综合措施。除正确使用避孕套外，接种HPV疫苗是更有效的防护手段，可预防疫苗包含的高危型别感染。定期进行宫颈癌筛查有助于早期发现病变，避免共用毛巾等个人物品能减少间接接触传播。出现生殖器疣等可疑症状时应及时就医，性伴侣双方共同检测治疗有助于阻断传播链。
