藿香正气散具有解表化湿、理气和中的功效，主要用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等。
藿香正气散中的藿香、紫苏、白芷等成分能发散风寒，芳香化湿，适用于外感风寒兼湿邪侵袭引起的恶寒发热、头身困重。对夏季贪凉饮冷导致的胃肠型感冒尤为有效，可缓解因湿阻中焦引起的恶心厌食。
方中白术、陈皮、厚朴等药材能健脾燥湿，行气消胀，改善湿浊中阻引起的脘腹痞满、肠鸣泄泻。对于饮食不节或水土不服导致的胃肠功能紊乱，可调节胃肠蠕动，减轻腹胀肠鸣症状。
半夏、茯苓、大腹皮等成分具有和胃降逆、利水渗湿作用，能有效控制湿邪犯胃引起的呕吐清水或腹泻便溏。对晕车晕船或急性胃肠炎初期出现的消化系统症状有缓解效果。
该方通过多靶点作用改善胃肠微循环，促进消化液分泌，对功能性消化不良、肠易激综合征等慢性胃肠问题有调理作用。长期适量服用可增强脾胃运化能力，但需辨证使用。
在梅雨季节或高温潮湿环境下，藿香正气散可作为预防性用药，减少暑湿邪气侵袭。其芳香化湿特性有助于化解环境湿浊，但不宜替代常规防暑措施。
使用藿香正气散期间应忌食生冷油腻，风寒感冒伴高热或湿热型腹泻者慎用。服药后出现皮疹、心悸等不良反应需停用，慢性病患者及孕妇应在医师指导下服用。日常可配合艾灸足三里、中脘等穴位增强疗效，暑天建议饮用荷叶陈皮茶辅助祛湿。
