基孔肯雅热主要通过防蚊灭蚊、避免蚊虫叮咬、改善环境卫生等方式预防。该病由伊蚊传播，预防措施需围绕阻断传播途径展开。
清除居住地周边积水容器，定期更换花瓶、水缸等储水容器的水，破坏蚊虫孳生环境。室内可使用电蚊拍、蚊香等灭蚊工具，室外活动时配合喷洒环保型杀虫剂。社区应加强公共区域蚊媒监测与集中消杀。
户外活动时穿着浅色长袖衣裤，皮肤裸露处涂抹含避蚊胺成分的驱蚊剂。居住场所安装纱窗纱门，睡眠时使用蚊帐。避免在黎明和黄昏等蚊虫活跃时段进行野外作业或停留。
填平洼地疏通沟渠，妥善处理生活垃圾和废弃轮胎等积水隐患。家庭盆栽垫盘需保持干燥，空调排水管等隐蔽积水点需定期清理。社区应建立蚊媒滋生地巡查制度。
前往疫区前查询当地疫情动态，携带便携式蚊帐和驱蚊用品。归国后出现突发高热、关节痛等症状需立即就医并告知旅行史。国际旅行期间尽量选择有防蚊设施的住宿场所。
发现疑似病例应及时隔离并报告疾控部门，对患者住所半径200米范围内实施紧急灭蚊。接触者需进行21天医学观察，出现症状早诊断早治疗。疫区可开展预防性灭蚊行动。
预防基孔肯雅热需长期保持环境清洁，雨季前后加强灭蚊力度。出现38℃以上发热伴关节剧痛、皮疹等症状时，须在2小时内就诊并检测病毒抗体。疫区居民可接种正在研发中的试验性疫苗，但当前仍以物理防护为主。日常注意补充维生素B族，其代谢产物可通过汗液形成天然驱蚊屏障。
