宝宝缺钙会引起多种疾病。常见的疾病包括生长发育迟缓、佝偻病、湿疹、功能性腹痛等。缺钙会对宝宝成长发育产生严重影响，缺钙严重的宝宝出牙时间、能独立站立走路的时间，往往比健康儿童晚很多，甚至部分患儿会出现智力发育迟缓的现象。如果缺钙严重，会导致佝偻病形成，可能导致头部、胸部、四肢骨骼结构发育畸形，甚至对胸腔内器官产生严重压迫。部分患儿由于缺钙会导致神经兴奋性增加，神经兴奋性作用于肌肉时可能引起腿部抽筋，作用于消化系统时可能导致肠痉挛，引起功能性腹痛。如果宝宝长期缺钙，还会导致抵抗力低下，引起一系列感染性疾病。
