磁共振对人体软组织疾病显示很清楚，对膀胱、直肠、子宫、阴道、骨、关节、肌肉等部位的检查优于CT，对颅脑、脊髓等疾病的诊断，磁共振是当今最有效的影像诊断方法。可以早期发现肿瘤、脑梗死、脑脓肿、脑囊虫症及先天性脑血管畸形等，明确各个阶段的脑出血，还可确定脑积水的种类及原因。磁共振在显示脊髓先天异常、脊髓空洞症及硬化症、瘢痕等也有独到之处。磁共振显示椎间盘突出等也很清晰，椎间盘突出所压迫的神经根也可看得一清二楚。先天性心脏病及各种心肌病也是磁共振检查的适应证。磁共振还可用于检查子宫、卵巢、膀胱及前列腺等器官疾病。现在，对于全身各个系统肿瘤的诊断、分期及疗效的评价，磁共振已成为必不可少的检查方法。
