沙眼衣原体感染可引起沙眼和包涵体性结膜炎，沙眼是由沙眼衣原体感染所致的一种慢性传染性结膜角膜炎症，是导致盲目的只要疾病之一，沙眼多有a,b,c或者ba抗原行所致，沙眼多为双眼发病，通过直接接触或污染物间接传播，节肢昆虫也是传播媒介,易感危险因素包括不良的卫生条件，营养不良，酷热或沙尘气候，热带、亚热带地区干旱季节容易传播。而包涵体性结膜炎是由d至k型沙眼衣原体引起的一种，通过性接触或产道传播的急性或亚急性滤泡性结膜炎症，包涵体性结膜炎好发于性生活频繁的年轻人，多为双侧，衣原体感染男性尿道和女性子宫后通过性接触和手眼传播到结膜，游泳池也可间接传播疾病，新生儿经产道分娩时也可能感染。
