自身免疫性肝病不同于其他疾病的病因，但是最终导致的仍然是这个肝细胞的损伤，以及胆汁的淤积，严重的当然会影响肝细胞各种蛋白合成的功能，胆红素的代谢以及解毒的功能，如果到了肝纤维化，甚至肝硬化的程度会引起一系列的临床表现，比如说的乏力、纳差、厌油以及腹泻，再往下发展就是蛋白合成减少引起这个浮肿、腹水、下肢的水肿、尿少，其次会引起免疫功能的减退，那么蛋白的合成减少，肠道的细菌移位会引起各种系统的感染，凝血功能的障碍，那么会引起消化道出血、鼻窦、牙龈出血等等出血的表现，甚至这个电解质的紊乱以及神志的改变引起肝性脑病、肝昏迷。
