鲜木耳和干木耳各有营养优势，具体选择需根据食用需求和储存条件决定。
鲜木耳水分含量高，口感脆嫩，适合凉拌或快炒。鲜木耳含有较多水溶性维生素，如维生素B族和维生素C，这些营养素在干燥过程中容易流失。鲜木耳中的多糖类物质活性较高，有助于调节免疫功能。但鲜木耳含有卟啉类光敏物质，直接食用可能引起日光性皮炎，需充分焯水处理。鲜木耳保质期短，常温下易腐败变质，需冷藏保存并尽快食用。
干木耳经过脱水处理，便于长期储存，泡发后重量可增加10倍左右。干燥过程使木耳中的膳食纤维和矿物质得到浓缩，每100克干木耳的铁含量可达鲜木耳的5倍以上。干木耳的多糖物质结构更稳定，经泡发后仍能保持良好生物活性。干木耳在泡发过程中会损失部分水溶性营养素，但蛋白质和微量元素保存率较高。市售干木耳需注意选择无硫熏制品，泡发时间不宜超过4小时以避免微生物滋生。
鲜木耳和干木耳均可作为健康食材，建议根据烹饪方式交替选用。鲜木耳需彻底加热破坏卟啉类物质，干木耳应使用冷水充分泡发。木耳富含胶质和膳食纤维，胃肠功能较弱者需控制单次食用量。日常饮食中可将木耳与富含维生素C的蔬菜搭配，促进铁元素吸收。储存干木耳需保持干燥通风，避免受潮霉变。
