吃水果去掉果皮一般不会产生明显坏处，但可能损失部分营养成分。果皮中通常含有较多膳食纤维、维生素和抗氧化物质，去皮后可能降低水果的整体营养价值。
多数水果的果皮富含膳食纤维，有助于促进胃肠蠕动和维持肠道健康。例如苹果皮含有槲皮素等抗氧化成分，葡萄皮富含白藜芦醇。这些物质在去皮过程中可能被丢弃。部分水果如柑橘类的外皮含有挥发性油脂，直接食用可能刺激口腔或胃肠黏膜，去皮后更适合消化功能较弱的人群。对于农药残留风险较高的水果，彻底清洗或去皮能减少摄入风险。
少数水果的果皮与果肉营养差异较小，如香蕉、菠萝等，去皮对营养价值影响有限。芒果、榴莲等厚皮水果的果皮本身不宜食用，去皮属于必要处理。需注意部分水果靠近果皮的果肉层可能集中更多糖分和风味物质，过度削皮可能影响口感。
建议根据水果种类和个人体质选择是否去皮。消化功能正常者可优先选用有机种植或充分清洗的水果带皮食用。胃肠敏感者或儿童可适当去皮，并通过增加水果摄入量弥补营养损失。无论是否去皮，食用前都应使用流动清水彻底清洗水果表面。
