吃番茄时需注意避免空腹食用、控制摄入过量、警惕过敏反应、合理搭配食材及特殊人群慎食。番茄富含维生素C、番茄红素等营养素，但不当食用可能引发胃肠不适或影响营养吸收。
番茄含较多有机酸和鞣酸，空腹食用可能刺激胃黏膜，导致反酸、胃胀等不适。胃肠功能较弱者建议搭配主食或其他碱性食物，如面包、燕麦等，以中和酸性。未完全成熟的青番茄含龙葵碱，可能引起中毒，须彻底加热后食用。
每日建议食用1-2个中等大小番茄，过量可能因高钾含量增加肾脏负担，肾功能不全者需限制。番茄红素为脂溶性营养素，烹饪时加少量油脂可提升吸收率，但高温久煮易破坏维生素C，建议快炒或短时蒸煮。
部分人群对番茄中组胺或茄科植物蛋白过敏，食用后可能出现皮肤瘙痒、口腔肿胀等症状。首次尝试番茄应少量测试，幼儿添加辅食时需观察3天。过敏体质者应避免接触番茄茎叶，其汁液可能引发接触性皮炎。
番茄与富含铁的食物如菠菜同食时，维生素C可促进铁吸收，但不宜与黄瓜同食，因黄瓜含维生素C分解酶。与橄榄油搭配可提高番茄红素生物利用率，与高钙食物同食可能形成不易消化的沉淀，建议间隔2小时食用。
胃食管反流患者进食番茄可能加重烧心症状，痛风患者需注意番茄嘌呤含量。服用华法林等抗凝药物者应保持番茄摄入稳定，避免影响药效。术后恢复期患者建议去皮去籽食用，减少胃肠刺激。
选择成熟饱满、无破损的番茄，冷藏保存不超过一周，冷冻可延长番茄红素保存期。烹饪时保留果皮以增加膳食纤维摄入，制成番茄酱需注意控糖控盐。出现腹痛、皮疹等不适症状应立即停食并就医，日常饮食建议咨询营养师制定个性化方案。
