不同颜色的西红柿主要区别在于营养成分和抗氧化物质含量的差异，常见的有红色、黄色、绿色、紫色等品种。
红色西红柿富含番茄红素，这是一种强效抗氧化剂，有助于降低心血管疾病风险。成熟度高的红色西红柿口感酸甜，适合做汤或炒菜。红色西红柿的维生素C含量较高，对皮肤健康有益。部分品种果肉较厚，适合制作番茄酱。红色西红柿在烹饪过程中番茄红素更易被人体吸收。
黄色西红柿含有较多β-胡萝卜素和叶黄素，对视力保护有帮助。这类西红柿通常甜度较高，酸度较低，适合生吃。黄色西红柿的番茄红素含量相对较低，但钾元素含量较丰富。果皮较薄的品种更适合制作沙拉。部分黄色西红柿品种含有较高含量的维生素A前体。
绿色西红柿含有较多叶绿素和酚类化合物，具有独特清香。未完全成熟的绿色西红柿含有少量龙葵碱，不宜过量食用。这类西红柿质地较硬，常用来制作腌制品或油炸食品。绿色西红柿的维生素K含量相对较高。部分特殊品种即使成熟后仍保持绿色。
紫色西红柿富含花青素，具有更强的抗氧化能力。这类品种通常是由传统品种与野生品种杂交培育而成。紫色西红柿的矿物质含量较高，尤其是锰元素。果肉颜色从深紫到黑紫色不等，口感较浓郁。部分紫色西红柿品种对某些慢性病可能有预防作用。
橙色西红柿含有丰富的β-隐黄质，这种物质在体内可转化为维生素A。这类西红柿的甜度介于红色和黄色品种之间。橙色西红柿的类胡萝卜素组合具有特殊的保健价值。果肉质地通常较细腻，适合制作果汁。部分橙色品种对高温环境适应能力较强。
选择西红柿时可根据营养需求和烹饪方式决定，不同颜色的西红柿可以搭配食用以获得更全面的营养。储存时避免阳光直射，未完全成熟的西红柿可室温放置后熟。食用前用清水冲洗干净，肠胃敏感者建议去皮食用。特殊品种可能引起过敏反应，首次食用应少量尝试。日常饮食中建议交替选择不同颜色的西红柿，以获得多样化的植物营养素。
