重症支原体肺炎可能遗留肺纤维化、支气管扩张、慢性咳嗽、肺功能下降等后遗症，多数与炎症持续损伤气道和肺组织有关。
肺部炎症反复发作可能导致肺泡结构破坏，胶原蛋白异常沉积形成瘢痕组织。需通过肺康复训练和抗纤维化药物干预。
持续感染易造成支气管壁弹性纤维断裂，形成不可逆的管腔扩张。表现为反复咳脓痰，需长期进行体位引流和雾化治疗。
气道高反应性可持续数月，与神经末梢敏感性增高有关。可选用孟鲁司特钠等白三烯受体拮抗剂缓解症状。
小气道阻塞和弥散功能受损常见，表现为活动后气促。需定期监测肺活量和一氧化碳弥散量等指标。
康复期建议进行呼吸肌训练，避免吸烟及接触冷空气，定期复查胸部CT评估肺组织修复情况。
