新生儿黄疸蓝光治疗可能出现皮肤干燥、发热、腹泻、皮疹等副作用，通常较轻微且可逆。
蓝光照射可能加速皮肤水分蒸发，导致局部脱屑或发红，治疗期间可涂抹婴儿专用润肤霜保湿。
光疗设备产热可能引起体温轻度升高，需定时监测体温并调整箱内温度，必要时暂停照射。
胆红素代谢产物刺激肠道可能引发稀便，注意补充水分并记录排便情况，严重时需调整光疗方案。
少数患儿会出现短暂性红斑或荨麻疹，一般无须特殊处理，持续不消退需评估光疗强度。
光疗期间需遮光保护眼睛及会阴部，定期检测胆红素水平，多数副作用在停止照射后自行缓解，若出现青铜症等罕见反应需立即终止治疗。
