非淋菌性尿道炎可能遗留尿道狭窄、慢性盆腔疼痛、不孕不育、反应性关节炎等后遗症，严重程度从局部炎症扩散至全身系统损害。
长期炎症导致尿道黏膜纤维化，表现为排尿困难、尿线变细。需通过尿道扩张术或尿道成形术治疗，急性期可选用多西环素、阿奇霉素等药物控制感染。
病原体上行感染引发盆腔粘连，常见下腹坠胀及性交痛。物理治疗配合非甾体抗炎药可缓解症状，严重者需腹腔镜松解粘连，抗生素推荐米诺环素或左氧氟沙星。
衣原体感染易导致输卵管阻塞，女性表现为继发不孕，男性可能发生附睾炎。需进行生殖系统评估，治疗选用敏感抗生素如克拉霉素，必要时辅助生殖干预。
病原体抗原诱发免疫反应，典型表现为膝关节、踝关节肿痛。需联合抗炎药与免疫调节剂，常见用药包括塞来昔布和柳氮磺吡啶，急性期需关节制动。
确诊后应规范完成抗生素疗程，定期复查泌尿生殖道功能，避免剧烈运动加重关节症状，性伴侣需同步治疗防止交叉感染。
