病毒性脑干脑炎通常需要2-4周恢复，具体时间与病情严重程度及个体差异有关。
病毒性脑干脑炎恢复期主要受病毒类型、神经系统损伤范围及治疗及时性影响。轻症患者表现为头痛、低热、轻度意识模糊，经抗病毒治疗和营养支持后，症状可在7-14天缓解。中重度患者可能出现吞咽困难、肢体瘫痪或呼吸衰竭，需住院进行静脉用药和生命支持，恢复期可能延长至3-6周。老年人和免疫功能低下者恢复更慢，可能遗留注意力不集中、肌力减退等后遗症。急性期使用阿昔洛韦注射液、更昔洛韦胶囊等抗病毒药物可缩短病程，糖皮质激素如甲泼尼龙片有助于减轻炎症反应。
恢复期应保持充足休息，避免剧烈运动，饮食选择高蛋白的鱼类、蛋类和易消化的粥类，定期复查脑电图和头颅核磁共振评估恢复情况。
