小儿肺炎一般不会留下后遗症，但重症或治疗不及时可能影响肺功能。
小儿肺炎经过规范治疗，多数患儿可完全康复，肺部炎症吸收后不会对呼吸功能造成长期损害。常见病原体如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等引起的细菌性肺炎，在足疗程抗生素治疗后通常预后良好。病毒性肺炎多呈自限性，但呼吸道合胞病毒感染可能诱发反复喘息。支原体肺炎病程较长，但极少导致结构性肺损伤。
少数情况下，如患儿存在免疫缺陷、先天性心脏病等基础疾病，或出现脓胸、肺脓肿等并发症时，可能遗留支气管扩张、限制性通气功能障碍等问题。早产儿或低出生体重儿因肺发育不完善，重症肺炎后更易发生慢性肺疾病。部分患儿恢复期可能出现暂时性气道高反应性，表现为运动后气促或反复咳嗽。
恢复期应避免接触呼吸道感染患者，保证营养摄入，定期随访肺功能评估。
