咖啡最好在早餐后30分钟至上午10点之间饮用，有助于提神醒脑且减少对胃肠的刺激。
早餐后30分钟至上午10点是人体皮质醇水平自然下降的时段，此时摄入咖啡因能更有效缓解困倦。咖啡因的半衰期约为5小时，该时段饮用可避免影响夜间睡眠质量。咖啡中的单宁酸会抑制非血红素铁的吸收，餐后饮用能降低对铁吸收的干扰。胃肠功能在晨起时较为敏感，空腹饮用可能引发胃酸分泌过多，餐后饮用可形成食物缓冲层。咖啡因的利尿作用在日间活动时更易被代偿，减少夜间频繁起夜的概率。选择阿拉比卡豆制作的咖啡，其咖啡因含量相对较低且酸度温和。冲泡时水温控制在90-95摄氏度可减少苦味物质的析出。添加少量牛奶能缓解咖啡对胃黏膜的直接刺激，但会略微降低抗氧化物质的生物利用度。
咖啡饮用后应及时漱口避免色素沉积，每日摄入量建议不超过400毫克咖啡因。高血压患者需监测血压变化，孕妇应控制每日咖啡因摄入在200毫克以下。长期饮用者突然停用可能引发头痛等戒断反应，建议逐步减量。运动前1小时饮用可提升运动表现，但需注意补充水分防止脱水。咖啡渣可回收用于除味或堆肥，减少资源浪费。
