药材保存需根据种类选择避光、防潮、密封、低温等方法，常见保存方式有干燥保存、冷藏保存、真空保存、阴凉保存、隔绝空气保存等。
多数根茎类及种子类药材需保持干燥环境，如黄芪、当归等。可将药材置于陶瓷罐中，底部铺放生石灰或硅胶干燥剂，定期更换吸湿材料。潮湿环境易导致药材霉变或虫蛀，药效成分水解失效。需避免阳光直射，温度维持在15-25摄氏度。
含挥发性成分或易腐药材如薄荷、鲜石斛适合冷藏。需用保鲜袋密封后置于冰箱冷藏室，温度控制在2-8摄氏度。冷藏可延缓氧化反应，但需注意取出后避免反复冷凝吸水。动物类药材如冬虫夏草需冷冻保存，使用前缓慢回温。
名贵药材如人参、西洋参建议抽真空分装。采用铝箔复合袋抽真空后避光存放，可隔绝氧气防止有效成分被氧化。真空状态能抑制微生物生长，保持药材原有色泽与气味。每次取用后需重新密封，避免接触空气。
花叶类药材如金银花、菊花需置于阴凉通风处。可用棕色玻璃瓶或木盒存放，避免紫外线导致色素分解。环境湿度需控制在45％-55％，定期翻动防止结块。此类药材不宜冷藏，低温会导致花瓣脆裂或结露。
油脂含量高的药材如火麻仁、柏子仁需充氮保存。将药材装入密封容器后注入氮气置换空气，可防止油脂酸败。亦可采用蜂蜡密封法，将药材埋入熔化的蜂蜡中形成保护层。此类方法能有效延长保质期。
不同药材需分类存放避免串味，定期检查有无虫蛀霉变。名贵药材建议小份分装减少开封次数，发现变质应立即弃用。服用前需观察药材性状变化，煎煮时注意先煎后下等特殊要求。保存容器建议选用陶瓷、玻璃等惰性材料，塑料容器可能释放有害物质影响药效。
