小麦胚芽油通常不适合高温加热食用，更适合凉拌或低温烹饪。小麦胚芽油富含维生素E、不饱和脂肪酸等热敏感成分，高温易导致营养流失或产生有害物质。
小麦胚芽油的烟点较低，一般在160-180摄氏度之间，超过这一温度会产生油烟和自由基。日常使用建议用于制作沙拉酱、拌凉菜或直接淋在蒸煮好的食物上，能最大限度保留其抗氧化成分。低温烹饪时可用于短时间煸炒或蒸煮，但需控制油温避免冒烟。小麦胚芽油中的亚油酸和α-亚麻酸在高温下易氧化变质，可能降低营养价值并影响口感。
特殊情况下需加热使用时，可将小麦胚芽油与其他高烟点油脂混合，如稻米油或茶籽油，比例控制在1:3以内。混合后烟点可提升至200摄氏度左右，适合快速翻炒等烹饪方式。但需注意混合油仍不宜长时间高温煎炸，且开封后需冷藏保存以延缓氧化。对油脂过敏者、胆道疾病患者应谨慎食用，出现腹胀或腹泻需停用。
日常储存小麦胚芽油应避光密封，开封后建议1个月内用完。可搭配坚果、全麦面包等食物增加风味，每日摄入量控制在10-15毫升。若需高温烹饪，建议选用精炼程度更高的植物油如花生油或葵花籽油替代。
