香菇洗干净一般不会导致营养大量流失，但过度清洗或长时间浸泡可能影响部分水溶性营养成分。香菇的主要营养成分包括多糖、蛋白质和矿物质，短时间冲洗对营养保留影响较小。
日常清洗香菇时，建议用流动清水快速冲洗表面尘土，避免用力搓揉或长时间浸泡。香菇的多糖类物质稳定性较高，短暂接触水不会明显破坏其结构，蛋白质和矿物质也较难通过简单冲洗流失。清洗后及时烹饪可最大限度保留营养，高温烹调过程能进一步锁住香菇中的活性成分。
若将香菇长时间浸泡在水中，部分水溶性维生素如B族维生素可能逐渐溶出，尤其是浸泡超过30分钟或使用温水时更为明显。香菇表面的鸟苷酸等呈味物质也可能因浸泡而减少，影响鲜味。干香菇泡发时应控制时间，泡发后建议将浸泡水滤净用于烹饪，可回收部分溶解的营养素。
处理香菇时可先剪去硬蒂再快速冲洗，烹饪时选择蒸、炒等短时加热方式。储存新鲜香菇须保持干燥，避免清洗后冷藏导致变质。干香菇应密封避光保存，泡发时间控制在15-20分钟为宜，既能软化组织又可减少营养损失。
