食用大蒜具有一定的杀菌作用，主要与大蒜素等活性成分有关。大蒜中的有效成分能抑制部分细菌、真菌和病毒的生长繁殖，但无法替代药物治疗感染性疾病。
大蒜的杀菌作用主要来源于其含有的有机硫化合物，如大蒜素。新鲜大蒜被切碎或捣碎后，蒜氨酸酶将蒜氨酸转化为大蒜素，这种物质对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌有抑制作用。体外实验显示，大蒜提取物能干扰细菌细胞膜合成，破坏微生物代谢过程。日常食用生蒜可能帮助减少口腔和消化道部分有害菌群，对预防轻微胃肠炎或口腔感染有一定辅助效果。
大蒜的抗菌效果受多种因素。高温烹饪会使大蒜素分解，生蒜的杀菌作用强于熟蒜。大蒜品种、储存时间及食用方式均影响有效成分浓度，常规饮食摄入量难以达到实验室抑菌浓度。大蒜对幽门螺杆菌等特殊病原体的作用尚存争议，临床治疗中仍需联合抗生素。部分人群可能出现胃肠刺激或过敏反应，空腹大量食用可能损伤胃壁。
大蒜作为食材不能替代专业医疗处置。出现明确感染症状如持续发热、化脓性炎症时，应及时就医并按医嘱使用抗生素。日常饮食中可适当搭配生蒜作为风味调料，同时保持膳食多样性。特殊体质者或术前患者应咨询医师，避免与抗凝血药物产生相互作用。合理储存大蒜可保留更多活性成分，建议阴凉干燥处存放完整蒜头，使用时现剥现切。
