轻微腐烂的水果通常不建议食用。水果腐烂后可能滋生霉菌和细菌，即使切除腐烂部分，剩余部分也可能存在肉眼不可见的污染。
水果腐烂通常由霉菌感染引起，霉菌会在水果表面形成菌丝网络并向内部扩散。常见导致水果腐烂的霉菌包括青霉菌、曲霉菌等，这些霉菌可能产生展青霉素等有毒代谢产物。展青霉素具有耐高温特性，常规清洗或加热难以完全去除。食用被霉菌污染的水果可能导致急性胃肠炎，表现为腹痛、腹泻、呕吐等症状。长期摄入微量霉菌毒素可能对肝脏、肾脏等器官造成慢性损害。
部分水果如苹果、梨等出现轻微机械损伤但未发霉时，可尽快切除损伤部位后食用。这类损伤通常由运输碰撞造成，未受微生物污染。但若损伤部位已变色变软或出现霉斑，则表明已开始腐败。某些水果如香蕉表皮出现黑斑属于正常成熟现象，果肉未变质时可安全食用。柑橘类水果霉变后产生的橘青霉素可能扩散至整个果实，不建议食用任何部分。
选择水果时应检查表皮是否完整，避免购买有瘀伤、凹陷或霉斑的产品。储存时需保持通风干燥，不同种类水果分开存放。莓果等易腐水果建议冷藏并在2-3天内食用完毕。若误食霉变水果后出现不适，可适量饮水观察，持续呕吐或腹泻需及时就医。日常注意将腐烂水果与其他食品隔离，避免交叉污染。
