流感合并肺炎球菌感染的治疗难度通常高于单纯流感，但多数情况下通过规范治疗可有效控制。肺炎球菌感染可能引发肺炎、中耳炎、脑膜炎等并发症，需根据感染部位和严重程度制定个体化方案。
流感病毒破坏呼吸道黏膜屏障后，肺炎球菌更易侵入下呼吸道。针对轻中度感染，青霉素类（如阿莫西林克拉维酸钾片）、头孢类（如头孢呋辛酯片）或大环内酯类（如阿奇霉素分散片）抗生素通常有效。治疗期间需监测体温、咳嗽频率及痰液性状变化，症状加重或持续3天无改善需复诊调整用药。合并基础疾病者可能需延长疗程或联合用药。
重症肺炎球菌感染可能出现脓胸、呼吸衰竭等严重情况，此时需住院接受静脉抗生素（如注射用头孢曲松钠）治疗，必要时辅以氧疗或机械通气。婴幼儿、老年人和免疫功能低下者更易进展为重症，确诊后建议尽早住院观察。耐药菌株感染会显著增加治疗难度，需根据药敏试验结果选用万古霉素等特殊抗生素。
预防性接种肺炎球菌多糖疫苗或结合疫苗可降低感染风险，流感季节前完成两种疫苗的接种能产生协同保护。治疗期间应保持每日2000毫升饮水量，摄入高蛋白食物如鱼肉蛋奶，避免辛辣刺激饮食。居家环境保持50％-60％湿度，每日通风2-3次有助于呼吸道修复。症状消失后仍需完成规定疗程，防止细菌耐药性产生。
