大蒜具有广谱抗菌作用，对细菌、真菌、病毒等微生物均有抑制效果，主要活性成分为大蒜素。大蒜的特殊杀菌作用主要有抑制幽门螺杆菌、抗白色念珠菌感染、辅助抑制流感病毒、减少口腔致病菌群、降低肠道有害菌数量等。
1、抑制幽门螺杆菌大蒜中的有机硫化合物能破坏幽门螺杆菌生物膜结构，干扰其代谢酶活性。研究表明新鲜大蒜提取物可显著降低该菌定植量，对慢性胃炎、胃溃疡患者具有辅助保护作用。需注意单纯依靠大蒜无法根除感染，需配合标准四联疗法。
2、抗白色念珠菌感染大蒜素可改变念珠菌细胞膜通透性，导致胞内物质外泄。对女性外阴阴道念珠菌病、口腔鹅口疮等真菌感染有抑制作用。临床观察显示，大蒜提取物制剂辅助治疗可缩短抗真菌药物使用周期。
3、辅助抑制流感病毒大蒜含有的硫代亚磺酸酯能阻断病毒包膜与宿主细胞融合，降低流感病毒复制能力。流行季节适量生食大蒜可减少上呼吸道病毒感染概率，但不可替代疫苗接种及抗病毒药物治疗。
4、减少口腔致病菌群咀嚼生大蒜产生的丙烯硫化物能显著抑制变形链球菌、牙龈卟啉单胞菌等致龋菌，改善口腔微生态。长期过量食用可能刺激口腔黏膜，建议每日食用1-2瓣为宜。
5、降低肠道有害菌数量大蒜可通过调节肠道菌群平衡，抑制大肠杆菌、沙门氏菌等致病菌增殖。发酵黑蒜的抗菌成分更易被肠道吸收，对抗生素相关性腹泻有一定预防作用，但急性胃肠炎发作期应避免生食。
日常食用大蒜以生食或短时低温烹饪为佳，高温久煮会破坏活性成分。胃肠敏感者建议选择糖醋泡蒜、黑蒜等温和形式。治疗严重感染时须遵医嘱规范用药，不可将大蒜作为唯一治疗手段。保持饮食多样性，避免长期大量单一摄入大蒜导致胃肠刺激或凝血功能异常。
