大豆做成豆腐后蛋白质含量会发生变化，但豆腐仍属于高蛋白食物。大豆经过浸泡、磨浆、煮浆、凝固等工艺制成豆腐，过程中部分蛋白质会溶解或流失，但豆腐的蛋白质消化吸收率高于直接食用大豆。
大豆的蛋白质含量约为35-40％，而北豆腐的蛋白质含量约为8-12％，南豆腐约为5-8％。豆腐制作过程中，大豆中的蛋白质在凝固剂作用下形成网状结构，保留大部分蛋白质，但水分增加导致单位重量蛋白质含量降低。大豆中的抗营养因子如胰蛋白酶抑制剂在豆腐加工过程中被破坏，使得豆腐蛋白质更易被人体消化吸收。豆腐还保留了大豆中的优质蛋白，含有人体所需的8种必需氨基酸，且比例接近人体需要。
大豆直接食用时，蛋白质消化率约为65％，而制成豆腐后可提高到92-94％。豆腐中的蛋白质在加工过程中发生部分变性，形成更易被酶分解的结构。大豆异黄酮等活性成分在豆腐中得以保留，且生物利用度提高。不同豆腐品种蛋白质含量存在差异，北豆腐含水量较低，蛋白质含量相对较高；南豆腐含水量高，蛋白质含量相对较低。
日常饮食中可将豆腐作为优质蛋白来源，建议搭配谷物类食物以提高蛋白质利用率。选择豆腐时可根据营养需求挑选不同品种，北豆腐适合需要控制热量摄入的人群，南豆腐适合消化功能较弱者。保存豆腐时应浸泡在干净水中并冷藏，避免蛋白质腐败变质。对大豆过敏者应避免食用豆腐，痛风患者需控制豆腐摄入量。
