存放月饼需注意防潮、避光、密封和温度控制，避免变质或口感变差。主要有避免高温潮湿环境、分类存放、控制存放时间、检查包装完整性、特殊馅料特殊处理等方式。
月饼含有较多油脂和糖分，高温环境容易加速油脂氧化，潮湿环境可能滋生霉菌。应将月饼置于阴凉干燥处，远离灶台、暖气等热源，湿度较高时可放置食品干燥剂。传统广式月饼因高糖高油相对耐存，冰皮月饼等需冷藏的品种对湿度更敏感。
不同品类月饼保存条件差异较大。传统糖浆皮月饼常温保存即可，冰皮月饼需0-4℃冷藏，雪月饼必须-18℃冷冻。含肉馅、蛋黄等易腐馅料的月饼应优先食用，水果馅月饼需注意与其他食品隔离防止串味。独立包装月饼建议保留原包装存放。
未开封月饼保质期通常为30-90天，开封后建议3天内食用完毕。手工月饼保质期较短约7-30天，含新鲜食材的月饼存放不超过一周。观察月饼表面是否出油、发霉，闻是否有哈喇味，发现异常应立即丢弃。月饼不宜长期存放，中秋后1个月内食用最佳。
存放前需确认包装无破损漏气，真空包装漏气会加速氧化。散装月饼要用食品级密封盒分装，避免与空气接触。每次取用后及时密封，减少开合次数。使用保鲜膜包裹时可先垫层油纸防止粘连。金属盒装月饼要注意内衬防油纸是否完好。
含冰淇淋、巧克力等特殊馅料的月饼必须冷冻保存，食用前需解冻。低糖月饼因水分含量高更易变质，需缩短存放周期。坚果馅月饼要注意防虫防潮，可加放花椒等天然驱虫剂。礼盒装月饼应拆除外部装饰绸缎等非食品包装材料后再存放。
存放月饼期间建议定期检查状态，出现霉斑、酸败味等变质迹象须立即处理。食用前可微波加热10-15秒恢复酥脆口感，但冰皮月饼不宜加热。搭配绿茶、普洱茶等解腻饮品更佳，糖尿病患者需控制单次食用量不超过1/4块。开封后暂时不吃的月饼可用保鲜膜包裹冷藏，但不宜超过24小时。
