臭豆腐乳含有蛋白质、维生素B族、钙、铁等营养成分，适量食用有助于补充营养。臭豆腐乳的主要营养价值包括优质蛋白、维生素B12、钙质、益生菌及异黄酮类物质。
臭豆腐乳由大豆发酵制成，富含植物性优质蛋白，其氨基酸组成接近人体需求。蛋白质是构成细胞和组织的重要物质，参与机体修复和免疫功能。发酵过程使部分蛋白质分解为更易吸收的小分子肽类，但需注意高钠含量可能对高血压患者不利。
臭豆腐乳在发酵过程中微生物可合成维生素B12，对素食者是重要补充来源。维生素B12参与造血和神经系统功能，缺乏可能导致贫血或神经病变。但天然发酵产生的B12含量不稳定，不能完全替代动物性食物或补充剂。
制作过程中添加的钙盐使臭豆腐乳含钙量较高，每100克约含130毫克钙。钙元素对骨骼健康和肌肉收缩有重要作用，发酵产生的乳酸能促进钙吸收。但高盐特性可能加速钙流失，食用时需控制量。
活性发酵产生的乳酸菌等益生菌有助于维持肠道菌群平衡，改善消化吸收功能。这些菌群能抑制有害菌繁殖，增强肠道屏障。但灭菌处理的市售产品可能不含活菌，选购时需注意标签说明。
大豆发酵后保留了大豆异黄酮，这类植物雌激素具有抗氧化作用，可能对心血管疾病和更年期症状有改善效果。但相关研究证据尚不充分，且过量摄入可能干扰内分泌，建议通过多样化饮食获取营养素。
食用臭豆腐乳建议选择正规厂家生产的低盐产品，每次摄入量控制在20克以内，避免与高盐食物同食。高血压、肾病或痛风患者应谨慎食用。日常饮食中可将臭豆腐乳作为调味品替代部分食盐，搭配新鲜蔬菜水果和全谷物，以平衡营养摄入并降低健康风险。发酵豆制品不宜长期大量单一食用，需保持膳食多样性。
