吃洋葱有一定杀菌作用，但效果有限。洋葱含有大蒜素、槲皮素等活性成分，对部分病原微生物有抑制作用。
洋葱中的大蒜素通过破坏细菌蛋白质结构发挥抑菌效果，对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌有轻微抑制能力。槲皮素则能干扰微生物细胞膜功能，对部分真菌和病毒产生抑制作用。日常食用洋葱可辅助减少口腔和消化道细菌滋生，凉拌生食效果优于高温烹煮。但洋葱杀菌浓度远未达到临床治疗标准，不能替代药物。
洋葱杀菌作用受品种和储存条件显著影响。紫皮洋葱活性成分含量高于黄皮洋葱，新鲜洋葱杀菌效果优于长期储存产品。高温烹饪会导致大蒜素大量分解，煮沸15分钟后抗菌活性下降明显。特殊情况下如伤口感染、严重炎症等，洋葱不仅无法杀菌，其刺激性还可能加重黏膜损伤。
将洋葱作为饮食中的辅助抗菌食材是合理选择，建议每日摄入50-100克。出现明确感染症状时须及时就医，临床常用左氧氟沙星片、阿莫西林克拉维酸钾分散片等药物进行规范抗感染治疗。日常可搭配洋葱、蒜苗等具有抗菌作用的蔬菜，同时保证膳食多样性。
