适量食用正规制作的臭豆腐一般对健康产生明显危害，但过量或食用劣质产品可能引发胃肠不适或食品安全风险。
臭豆腐经发酵工艺制成，含蛋白质、钙及B族维生素等营养素，适量食用可帮助补充氨基酸和益生菌。传统工艺中毛霉菌发酵产生的蛋白酶能分解大豆蛋白，提升消化吸收率。部分产品含植物乳酸菌，有助于调节肠道菌群平衡。选择卫生达标产品并控制单次摄入量在100克以内，通常不会对健康人群造成负面影响。
使用工业用青矾等非法添加剂的劣质臭豆腐可能含铝超标，长期摄入会损伤神经系统。油炸温度超过200度时易产生苯并芘等致癌物，反复使用的煎炸油含大量自由基。部分人群食用后会出现腹胀、腹泻等不耐受反应，霉变原料产生的黄曲霉毒素具有肝毒性。建议选择有冷链保存的预包装产品，避免街头摊贩反复煎炸的散装臭豆腐。
食用臭豆腐后出现恶心呕吐需立即停食，慢性病患者应咨询营养师。日常搭配新鲜蔬菜水果可降低亚硝酸盐风险，发酵豆制品每周摄入不宜超过3次。购买时注意观察是否有QS标志，开封后需冷藏并在24小时内食用完毕。
