经颅磁治疗仪对部分神经系统疾病有一定效果，主要适用于抑郁症、偏头痛、帕金森病、脑卒中后功能障碍等疾病。
1、抑郁症高频重复经颅磁刺激可调节前额叶皮质活动，改善抑郁症状。治疗需配合抗抑郁药物如舍曲林、氟西汀、文拉法辛使用。
2、偏头痛经颅磁刺激能抑制皮层扩散性抑制，减少偏头痛发作频率。急性期可联合曲普坦类药物治疗。
3、帕金森病低频刺激辅助改善运动症状，需与多巴胺替代疗法协同使用。可能出现短暂头痛等不良反应。
4、脑卒中康复针对运动功能障碍的磁刺激需结合康复训练，对失语症效果较显著。治疗周期通常需要多次重复进行。
使用前需经专业评估，治疗期间注意观察不良反应，避免擅自调整参数。孕妇及癫痫患者禁用。
