细菌性角膜溃疡的致病菌中，以肺炎双球菌、金黄色葡葡球菌、溶血性链球菌及革兰氏阴性杆菌中的绿脓杆菌、变形杆菌、液化性摩拉克菌等最为常见。导致感染的原因常与微小的角膜外伤或剔除异物后污染有密切关系，也和患者免疫力低下有一定关系。
肺炎球菌性角膜溃疡又称匐行性角膜溃疡，以农村收割季节为常见，多半是角膜受伤或剔除异物后角膜发生感染的结果。表现为突然发生眼痛及刺激症状，眼球混合性充血，角膜损伤处出现灰白色微隆起的浸润灶，迅速发展成溃疡，表面有灰黄色脓液附着，呈污秽状。溃疡的一侧为致密的黄色浸润，为穿凿状进行缘；另一侧比较清洁，进行缘不断向外扩展，并同时向深层进展。有时溃疡并不明显，在基质内形成黄灰色脓液积聚，称为角膜脓疡。脓疡破溃，角膜穿孔，穿破后多倾向逐渐愈合，形成角膜粘连性白斑。又因细菌毒素侵入前房，引起前房积脓，故又名前房积脓性角膜溃疡。感染亦可累及眼内组织，以至毁坏眼球。
链球菌性角膜溃疡的临床表现与肺炎球菌性角膜溃疡相似，但较少匐行倾向。
绿脓杆菌性角膜溃疡主要是通过外伤和污染的眼药水所引起，也可见于戴接触镜者。绿脓杆菌在角膜内繁殖比在培养基内更为活跃，一旦感染，常于24小时或48小时内毁坏整个角膜，大量的黄绿色分泌物或坏死组织为其特点。
液化性摩拉克菌性角膜溃疡，这种菌常存在于人的呼吸道，一般致病力不强。此种溃疡多为中央性，形态细小，且进行缓慢，很少发生穿破是其特点，但也会出现前房积脓，但脓液量很少。患者自觉症状较轻。
