阴道囊肿可通过药物治疗、穿刺抽液、手术切除、激光治疗、中药调理等方式治疗。阴道囊肿通常由阴道腺体阻塞、炎症刺激、先天发育异常、分娩损伤、激素水平变化等原因引起。
阴道囊肿合并感染时可使用甲硝唑栓、克霉唑阴道片、保妇康栓等药物。甲硝唑栓适用于厌氧菌感染引起的囊肿炎症，克霉唑阴道片对真菌性囊肿有效，保妇康栓能缓解局部充血水肿。用药期间需保持外阴清洁干燥。
适用于单纯性囊肿体积较大时，在无菌操作下用穿刺针抽出囊内液体。该方法操作简单但复发率较高，抽液后可向囊腔内注射硬化剂减少复发。术后需观察有无出血或感染迹象。
对于反复发作或位置特殊的囊肿可采用囊肿剥除术，完整切除囊壁防止复发。前庭大腺囊肿需行造口术建立新腺管开口。手术创伤较小，术后需使用高锰酸钾溶液坐浴预防感染。
二氧化碳激光可精准气化囊肿壁，具有出血少、愈合快的优势。特别适合位于阴道口等敏感部位的囊肿，治疗后创面涂抹重组人表皮生长因子凝胶促进修复。治疗后有轻微灼痛感属正常现象。
湿热下注型可用二妙丸配合苦参汤熏洗，气滞血瘀型选用桂枝茯苓丸。中药坐浴常用黄柏、苍术、蛇床子等药材煎汤，每日两次熏洗患处。治疗期间忌食辛辣刺激食物。
日常应注意保持外阴清洁，选择棉质透气内裤，避免使用碱性洗剂冲洗阴道。性生活前后注意清洁，经期勤换卫生巾。囊肿较小且无症状时可暂不处理，定期复查观察变化。若出现囊肿迅速增大、破溃出血、持续疼痛等症状应及时就医，避免自行挤压或挑破囊肿。术后恢复期避免骑自行车等压迫会阴部的运动，饮食宜清淡富含维生素。
