化脓性脑炎可能遗留后遗症，常见后遗症包括认知障碍、运动功能障碍、癫痫发作及听力视力损害，后遗症发生概率与病情严重程度、治疗时机密切相关。
炎症累及大脑皮层可能导致记忆力减退或注意力不集中，早期高压氧治疗联合认知训练有助于改善症状。
基底节区受损可引发肢体偏瘫或平衡失调，康复期需进行运动疗法配合巴氯芬等肌松药物缓解痉挛。
脑膜粘连可能形成异常放电灶，丙戊酸钠缓释片、左乙拉西坦片等抗癫痫药物可控制发作频率。
听神经或视神经损伤可能导致永久性感官缺陷，神经营养药物如甲钴胺联合感官代偿训练可提高生活质量。
患者出院后需定期复查脑电图与神经功能评估，保持低脂高蛋白饮食并避免剧烈情绪波动，婴幼儿患者家长需密切观察发育里程碑达标情况。
