牙根囊肿通常建议治疗，未经处理可能引发感染、牙齿松动或骨质破坏。治疗方法主要有根管治疗、囊肿摘除术、拔牙后修复、定期观察随访。
1、根管治疗早期小范围囊肿可通过清除感染牙髓控制病情，配合氢氧化钙糊剂等药物辅助消炎，需拍摄X线片评估疗效。
2、囊肿摘除较大囊肿需手术彻底刮除病变组织，可能与龋齿、牙周炎等慢性感染有关，常伴随牙龈脓包、咬合疼痛等症状。
3、拔牙修复严重破坏牙槽骨的囊肿需拔除患牙，后期通过种植牙或义齿恢复功能，多由长期未治疗的根尖周炎发展而来。
4、定期随访对无症状的小囊肿可暂时观察，每半年拍摄口腔锥形束CT监测变化，但存在继发感染风险需谨慎评估。
日常应避免用患侧咀嚼硬物，保持口腔清洁，出现牙龈肿胀或牙齿移位需及时复查。
