使用抗生素可能导致肠道菌群失调。抗生素在杀灭致病菌的同时可能破坏肠道正常菌群平衡，引发腹泻、腹胀等症状。
抗生素通过抑制细菌生长或直接杀灭细菌发挥作用，但无法精准区分有害菌和有益菌。广谱抗生素对肠道菌群影响更显著，可能暂时减少双歧杆菌、乳酸菌等益生菌数量，导致条件致病菌过度繁殖。短期使用后多数患者菌群可逐渐恢复，但部分人群可能出现持续数周的肠道功能紊乱。
长期或频繁使用抗生素可能造成更严重的菌群失衡，增加艰难梭菌感染风险。老年人、婴幼儿及免疫功能低下者更易出现菌群失调相关并发症。某些特殊抗生素如克林霉素、头孢类对肠道菌群影响更为突出，使用期间需加强监测。
使用抗生素期间建议配合益生菌制剂，但需间隔2小时服用以避免抗生素灭活益生菌。饮食上增加发酵食品如酸奶、纳豆，补充可溶性膳食纤维如燕麦、苹果等有助于菌群恢复。出现严重腹泻或腹痛应及时就医，避免自行调整用药方案。
