复方木尼孜其颗粒可能引起胃肠道不适、过敏反应、肝功能异常、头晕等副作用，具体表现因人而异。
部分患者服药后可能出现恶心、腹胀或腹泻，与药物成分刺激胃肠黏膜有关，症状较轻时可调整服药时间或减量。
体质敏感者可能出现皮疹、皮肤瘙痒等过敏症状，需立即停药并遵医嘱使用氯雷他定、西替利嗪等抗组胺药物。
长期大剂量使用可能影响肝功能，表现为转氨酶升高，建议定期监测肝功能，必要时联用护肝片、甘草酸二铵等保肝药物。
少数患者服药后出现头晕、嗜睡等反应，可能与其中镇静成分有关，避免驾驶或高空作业等需集中注意力的活动。
用药期间出现严重不良反应应及时就医，避免与同类中成药联用，肝功能不全者需在医生指导下调整剂量。
