肛门疣通常可以彻底治愈，治疗方法主要有药物治疗、物理治疗、手术治疗和免疫调节治疗，实际效果与疣体大小、患者免疫力及治疗依从性密切相关。
局部涂抹咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊或干扰素凝胶可消除疣体，适用于小型疣体，需配合医生定期复查防止复发。
冷冻治疗或激光烧灼能快速清除可见疣体，可能与人类乳头瘤病毒感染有关，通常表现为肛周赘生物，治疗后需保持创面干燥。
高频电刀切除适用于体积大或顽固性疣体，可能与免疫功能低下有关，常伴随出血或瘙痒，术后需预防创面感染。
注射干扰素或口服免疫增强剂可降低复发概率，适用于反复发作患者，治疗期间需监测肝功能等指标。
治疗期间避免搔抓患处，穿宽松棉质内衣减少摩擦，定期复查至HPV病毒转阴可确认临床治愈。
